Mae llynnoedd ac afonydd yn gartref i amrywiaeth o fywyd gwyllt. Caiff rhai rhywogaethau eu gwarchod gan y gyfraith gan eu bod yn cael eu hystyried mor brin bellach. Mae’r 200 mlynedd ddiwethaf wedi gweld newidiadau enfawr i afonydd yn y Deyrnas Unedig, oherwydd bod tir wedi cael ei ddraenio ac afonydd wedi’u sythu i leihau llifogydd a chreu mwy o dir at ddiben datblygu ac amaeth. Ym Mharc Cenedlaethol Bannau Brycheiniog, Afon Wysg yw un o’r afonydd sydd wedi’i haddasu lleiaf yn y DU ac o ganlyniad, mae’n gartref i nifer o rywogaethau gwarchodedig. Mae’n fregus iawn i’r posibilrwydd o fwy o alldynnu dŵr serch hynny. Mae blaenddyfroedd Afonydd Nedd a Thawe ill dwy yn ardal y Parc Cenedlaethol ac mae’r ddwy hefyd yn gynefinoedd gwerthfawr i fywyd gwyllt.