Adeiladwyd y priordy yn y safle anghysbell hwn ar ddechrau’r 12fed ganrif ar ôl i’r pendefig, William de Lacy, ddod ar draws capel Celtaidd adfeiliedig Dewi Sant tra oedd allan yn hela. Cafodd ei wefreiddio gan y lle. Heddiw, nid oes unrhyw beth yn weddill o eglwys wreiddiol y pendefig cyfoethog hwn ar ddechrau’r 1100au. Roedd yr ymosodiadau gan bobl leol ar y gymuned Seisnig yn bennaf wedi gorfodi’r mynachod i encilio i Henffordd a Chaerloyw, a chafodd yr adeiladau gwreiddiol eu dinistrio. Mae olion y Priordy sydd i’w gweld heddiw yn dyddio o’r 13eg ganrif, pan gafodd y Priordy ei ailsefydlu a’r eglwys ei hailadeiladu.
Parhaodd Priordy Llanddewi Nant Hodni dan reolaeth y Saeson ac roedd yn un o nifer o’r adeiladau godidog yng Nghymru yr ymosodwyd arnynt ar ddechrau’r 15fed ganrif, yn ystod gwrthryfel Owain Glyndŵr, tywysog Cymru, er mwyn ailfeddiannu tir Cymru yn ôl gan y Saeson. Yn ystod y cyfnod terfysglyd hwn, enciliodd y rhan fwyaf o’r gymuned grefyddol yn Llanddewi Nant Hodni i Henffordd a Chaerloyw unwaith eto, a oedd yn golygu, erbyn diddymu’r mynachlogydd dan Frenin Harri VIII, mai dim ond 4 Canon oedd ar ôl yn Llanddewi Nant Hodni. Gwerthwyd y safle am £160 ac aeth yr adeiladau’n adfail a’u gadael i falurio am gannoedd o flynyddoedd.
Er eu bod yn ddarniog, mae olion prydferth y Priordy i’w gweld hyd heddiw, â’i ffenestri mawr a’i fynedfeydd bwaog ysblennydd, yn gliwiau i fawredd a phwysigrwydd y safle hwn ar ei anterth, ac ymroddiad y mynachod duwiolfrydig a oedd yn byw ac yn ffynnu yma. Ar ddiwedd y 12fed ganrif a dechrau’r 13eg ganrif, byddai Priordy Llanddewi Nant Hodni, yn y dyffryn tawel ac anghysbell hwn, wedi bod yn olygfa ysblennydd, ac Eglwys y Priordy ei hun oedd un o’r adeiladau gorau yng Nghymru yn y Canol Oesoedd.
Erbyn hyn, mae’r safle dan ofal Cadw. Mae ar agor trwy gydol y flwyddyn, mae mynediad yn rhad ac am ddim ac mae lle i barcio ar y safle. Bellach, mae rhan o’r hen adfail wedi’i hadnewyddu ac mae’n ffurfio rhan o Westy Llanthony Priory.